[생화학 실험] Peptide mass fingerprint 2 (MALDI-TOF)

목차

1. 실험제목:

2. 날짜:

3. 제출자 및 공동실험자:

4. 목적:

5. 원리:

6. 시약 및 기자재:

7. 결과

8. 고찰

9. 숙제

10.참고문헌

본문내용

keratin 종류가 들어가서 다른 protein으로 identify될 가능성은 충분히 있다고 보여진다. sample sequence 일치정도가 낮은 이유는 우선, sample에 trypsin을 처리했기 때문에, Lysine과 Arigine residue의 c-terminus 잘려져 peptide가 생성되었다는 데에 있다. 우리가 모은 peptide는 500Da이상이므로 약 4개~5개의 amino acid로 이루어진 peptide는 분리해낼 수가 없었다. Sample A의 첫 10개의 sequence를 trypsin이 잘랐다고 가정하면, MDTPLR/R/SR/R/LEGLK/PESPE 와 같이 잘라졌을 것이다. 이 경우, 5개 이하의 아미노산으로 된 R/SR/R/LEGLK의 peptide 조각은 분리할 수 없는 경우이다. (LEGLK는 5개의 아미노산으로 이루어져있기는 하지만, 아미노산의 평균분자량보다 작은 Glycine(MW 75.07)이 포함되어 있기 때문에 500이 넘지 않았을 것이다.) 이와 같은 경우가 전체 protein에 걸쳐 여럿 있기 때문에, sequence의 일치정도가 낮아졌을 것이다. 또한, 기본적으로, 우리가 분리한 peptide의 mass와 in silico에서 trypsin으로 처리한 peptide의 mass가 실제 같은 단백질이더라도, 반드시 일치하지 않을 수 있다. 첫 번째로, ACN gradient를 이용하여 대강의 seperation을 하긴 하였지만, 일부 peptide들은 엉키어서, mass가 매우 커졌을 수 있다. 이 경우, 같은 peptide가 있었다고 하더라도, in silico에서 자른 단백질의 mass와 직접 자른 peptide 조각의 mass가 일치하지 않았을 수 있다. 또한 database상에서 단백질을 자른 것은 아직 modification 과정을 거치지 않은 순수한 protein을 trypsin으로 자른 결과임에 반해, 우리가 실제 trypsin 처리하여 얻은 sample은 further modification에 의해서 조각의 mass가 더 크게 측정되었을 수 있다.(modification에 쓰인 물질들의 mass와 합쳐져서) 같은 peptide 조각이더라도, mass가 다르게 측정되었을 경우, database상에서 같은 peptide로 분류하지 않으므로, sequence가 일치하지 않는 것으로 나타났을 것이다.
10. 참고문헌
-http://www.kangwon.ac.kr/~centrlab/gigi2_7.html
-http://100.naver.com/100.nhn?docid=105063
11. Further Study
MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQ
QRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLR
1.다음 protein을 trypsin digestion 시 예상되는 peptides 와 mass를 구하시오.
2. 확인된 peptides mass를 DB를 이용하여 peptides mass fingerprint하고 위의
protein을 identify하시오. (뒷장)
단백질: gi|229532
3. 예상되는 peptide 중 MQIFVK의 sequence는 MALDI-TOF로 측정하였을 경우
M/Z score는 ( 944 )가 예상되며, ESI-QTOF로 측정하였을 경우
M/Z score는 ( 467.5 )와 ( 312 )가 예상된다.
M:149 Q: 225 I: 131 F:165 V: 117 K: 146
MALDI-TOF: m/z= (933+1)/1=944
ESI-QTOF: m/z= (933+2)/2=467.5 or m/z= (933+3)/3= 312

키워드

maldi ,   tof,   peptide mass,   펩타이드 질량 분석,   생물실험,   생화학실험,   화학실험