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점막)에서 진행되는 경우에는 그 표면에서 검체를 채취한다. 예를 들어서 호흡기 감염인 경우에는 비흡인물 또는 throat swab을, 위장관 감염인 경우에는 대변을 채취한다. 감염증이 내부 장기를 침범하거나 전신 질환인 경우에는 (예, 비수포성 발진성 질환, 뇌막염, 뇌염, 원인 불명열, 선천성 감염증 등) 뇨, 대변, 비흡인물, 혈액 등 여러 부위에서 검체를 채취한다. 일반적으로 바이러스 감염증 진단을 위해 내부 장기의 생검이 요구되지는 않으나, HSV에 의한 뇌염, 면역억제 환자의 CMV 감염증에서 각 감염증의 확인을 위해서는 침범된 장기의 생검을 요한다. 최근의 보고에 의하면 HSV 뇌염의 경우 polymerase chain reaction으로 뇌척수액에서도 바이러스를 성공적으로 검출할 수 있다.
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